作为青海省医保定点医疗机构，青海广慈肾病医院始终把“让患者少花钱、看好病”作为运营的核心准则，经过多年的对接优化，目前已经实现了城镇职工医保、城乡居民医保、异地跨省医保、大病保险的全场景医保直接结算，很多肾病患者在这里的实际就医自付比例，比过去在外地就医降低了60%以上。
针对尿毒症透析患者这个医疗负担最重的群体，医院专门优化了医保结算服务流程，安排了3名专职的医保对接人员，帮助患者办理透析特殊病种备案、医保报销手续，很多过去患者自己要跑好几个部门才能办完的手续，现在在医院的医保窗口就能一站式办结。针对来自青南牧区的异地参保患者，医院专门开通了异地医保直接结算绿色通道，患者出院的时候就能直接完成医保报销，不用再拿着病历、发票回到参保地跑腿报销，大大减少了患者的时间成本和经济负担。
2023年，医院还和青海省医疗保障局的医保智能监管系统完成了全面对接，严格执行医保药品和服务价格规范，杜绝过度检查、过度用药的情况，尽可能把患者的医疗费用控制在合理范围内。很多长期在这里透析的患者都算了一笔账：过去在其他医院透析，每个月自付费用要超过2000元，现在在青海广慈，经过医保报销之后，每个月自付费用不到500元，大大减轻了长期就医的经济压力。
